La ville devient finalement possession des Habsbourg au milieu du XIVe siècle.
En tant que ville chef-lieu francophone dans l’Alsace autrichienne, Belfort est privilégié dans son rapport avec le prince, comme tête de pont des Habsbourg dans leurs projets politiques et militaires.
Louis de Champagne, comte de la Suze, s’en empare en 1636, à la fin de la guerre de Trente ans, pour le compte de Louis XIII.
Elle est officiellement rattachée au royaume de France en 1648.
Les travaux de Vauban entre 1687 et 1703 ont doublé la superficie urbaine, augmenté la population civile, passée de 1 200 habitants en 1695, plus de 4 000 à la fin du XVIIIe siècle. La société est composée d’artisans, de commerçants, de professions libérales et de militaires, avec une garnison importante (1 500 hommes).
Belfort étant située à un carrefour de routes, un commerce de transit s’y développe.
Les travaux importants du général Haxo pour une meilleure protection de la ville de garnison avec la fortification des collines environnantes (Miotte et Justice) et de Séré de Rivière au XIXe siècle ont continué de transformer Belfort en place de guerre fortifiée.